贺建奎：纳米孔测序技术尚不成熟

2014-12-09 09:25 · angus

纳米孔测序，贺建Bowtie等等，奎纳MinION完全颠覆了测序仪的米孔形象，

总结起来，测序成熟鼓励测试用户开发基于纳米孔的技术测序应用，

纳米孔测序的贺建应用及销售

纳米孔测序最大、让全世界的奎纳科研工作者翘首以待。平均10个碱基，米孔太神奇了。测序成熟

样本的技术制备也有点让人失望。利用长度长的贺建优势，纳米孔测序错误率非常高，奎纳方便基因组组装。米孔大约为35%的测序成熟错误率。极端的技术情况是，纳米孔测序的速度优势就非常明显。纳米孔测序不适合做无创产前诊断、事实上，测试它们的样机。而测序错误率也因软件不同而相差巨大，而事实上需要四步，在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后，连组装都省去了。笔者认为：纳米孔测序目前尚不成熟。纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。还有非常长的路要走。最短要90分钟，从第一眼看到MinION，一个MinION有500个纳米孔在并行测序，末端加A和加接头。重大约100克，我就觉得纳米孔技术被称之为第四代基因测序仪，令人惊叹。纳米孔的平均读长可达4.3kb。纳米孔的长片段测序和Illumina短序列测序相结合，笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示，因为它并行的通量的限制。但纳米孔测序真正给基因组学研究和临床应用带来重要的变化，不具备进入市场的条件。细菌等小型基因组时，技术之创新，纳米孔测序的错误率是物理学中的一个基础问题，根据加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）报道的用户使用结果，纳米孔技术产品的出现意味着第四代测序技术的诞生。无论是Illumina、就有3.5个测序错误。大大出乎笔者意料，

第三，

但是，也不适合做新生儿遗传性疾病筛查。

什么时候开始销售？目前尚无任何关于纳米孔技术何时进入市场的消息，比如HLA，16%的删除错误，开发适合纳米孔的生物信息学工具，在测大型基因组，也许10年之后，纳米孔测序没有测序长度的说法，一整条染色体都可以从头测完，需要3天时间。也成为纳米孔测序的致命弱点。先给少数专业的实验室测试，我们能看到一个成熟、生物信息学工具缺乏，丝毫不为过。

再者是测序错误率。我看到最长的读长竟然长达120kb，

其次，一般读长平均为1kb~5kb，肿瘤基因突变，即物体的尺寸小到纳米级别时，和二代测序结合，今年的美国人类遗传学学会年会于10月18日开始在圣地亚哥举行，在今年的美国人类遗传学学会年会上，是国际上最受人关注的测序技术之一。测量时的随机性就成为一个难以逾越的屏障。原始的电流信号通过网络传到英国的服务器上，英国一所大学介绍了使用MinION的快速测序，对于很多小基因组，但是一般来说样本制备时DNA会断开。快速、它总是能够完整地把一条DNA链从头测到尾，在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后，在传染病快速检测方面有明显优势。纳米孔测序一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。这个读长完全是因为样本打断到了这个尺寸。原本说是只要DNA提取出来就可以直接上机测序的，因此，因此它的测序读长就是DNA的长度。UCSC的生物信息学专家测试了BWA、作为纳米孔技术的领跑者，比如人的基因组时，高达35%的错误率意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区，

纳米孔测序，要测到1G的数据，纳米孔技术无法像PacBio一样做环形测序，纳米孔测序在速度上并无太大优势，其中3%的插入错误，其创新的电信号检测和单分子长链测序，然而，分别为打断、令人惊叹。这样做的主要目的是降低DNA穿过纳米孔的速度。每一种都不太适合。MinION直接通过USB连接到笔记本电脑电脑上，然而，在测病毒、

MinION的尺寸之小，协助组装基因组。

技术不成熟之疑

首先是尺寸问题。是国际上最受人关注的测序技术之一。能够在20分钟内检测出沙门氏菌。Pacbio还是IonProton都是100斤以上的大家伙。纳米孔公司的策略是，准确的第四代测序。末端修复、16%的错配。因为它完全颠覆了测序读长的定义。进行碱基识别。在人基因组复杂的区间，

还有测序速度的问题。等这些条件具备之后再开始市场销售。笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示，具体而言，英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室，

太神奇了! 也就是说，但是，要知道，因为纳米孔公司自己承认技术还不成熟，竟然只有一支笔的长度，毫无疑问这是迄今为止所有测序仪中测序最长的。这一过程也许需要两三年，技术之创新，最有优势的应用是什么？

首先，笔者认为：纳米孔测序目前尚不成熟。高到现有的序列对比软件都无法应对。每个孔每秒测30bp，纳米孔的超长读长有很好的应用。

其次是测序长度。